Có lẽ ông ta sinh ra ở Canons Ashby, Northamptonshire,, mặc dù một số nguồn tin cho hay Fawsley; Cha của ông Walter Wilkins (mất năm 1625) là một thợ kim hoàn và mẹ của ông Jane Dod là con gái của John Dod, một người theo đạo Puritan nổi tiếng. Mẹ của ông sau đó tái hôn, và Walter Pope là một người em cùng mẹ khác cha.[6][7]

Wilkins theo học tại một trường học ở Oxford do Edward Sylvester điều hành, và được nhận vào New Inn Hall. Sau đó ông chuyển đến Magdalen Hall, Oxford nơi gia sư của ông là John Tombes, và tốt nghiệp bằng cử nhân năm 1631, bằng thạc sĩ năm 1634.[6] Ông nghiên cứu thiên văn học với John Bainbridge.[8]

Wilkins đi đến Fawsley năm 1637, nơi chăn nuôi cừu với ít dân số, bị chi phối bởi gia đình Knightley, người mà ông ta và sau đó Dod có thể đã phục vụ; Richard Knightley đã là người bảo trợ của Dod ở đó. Ông được thụ phong linh mục của Nhà thờ Anh quốc tại Nhà thờ Christ Church vào tháng 2 năm 1638.[9][10] Sau đó ông trở thành giáo sĩ kế tiếp Chúa Saye và Sele, và năm 1641 tới Lord Berkeley. Năm 1644 ông trở thành giáo sĩ của Hoàng tử Charles Louis, cháu của vua Charles I, người đã ở Anh.[6]